Stijnen pochodzi z miasta Hasselt. Karierę piłkarską rozpoczynał w małym zespole o nazwie Runkst VV by z czasem podjąć treningi w KSC Hasselt. W 2000 roku zauważyli go trenerzy Club Brugge i Stijn przeszedł do tego klubu. Początkowo był rezerwowym dla doświadczonego byłego reprezentanta kraju, Dany’ego Verlindena, a po jego odejściu dla ChorwataTomislava Butiny. W Eerste Klasse swój pierwszy mecz zaliczył 18 kwietnia 2003, a Brugge przegrało w nim 0:3 z Racingiem Genk. Do lata 2005 zaliczył tylko 4 spotkania ligowe mając przy tym nieznaczny udział w dwukrotnym wywalczeniu mistrzostwa Belgii w latach 2003 i 2005 oraz Pucharu Belgii w 2004. W sezonie 2005/2006 rozegrał 15 meczów (Butina - 19) i zajął z Brugge 3. miejsce w lidze. Po sezonie Butina odszedł do greckiegoPanathinaikosu i Stijn został pierwszym golkiperem Brugge. W 2007 roku zdobył z nim kolejny Puchar Belgii, dzięki zwycięstwu 1:0 w finale ze Standardem Liège. 22 lutego 2011 roku został wyrzucony z drużyny Club Brugge poprzez rozwiązanie obowiązującej umowy za krytyczne wpisy internetowe pod adresem kolegów z drużyny. Jego dotychczasowa umowa obowiązywała do 2015 roku. W latach 2011–2013 grał w Beerschocie AC.
